コンビニやスーパーで売っている食品、飲料のほとんどは添加物や保存料が入っています。
これらの添加物・保存料が腸内細菌の増殖を抑え減少させてしまう原因となっています。

消費者に安く効率よく提供するため、養殖の魚や鶏、家畜などに抗生物質を利用していることがほとんどです。またお茶や野菜も農薬をたくさん使う農家が増えています。抗生物質を投与された魚、肉、タマゴなどを食べたり、農薬が残留している野菜を食べることで人の体に入り込むことも腸内細菌が減少する原因の1つです。

家庭だけでなく食中毒などを防ぐため飲食店などでも殺菌・消毒はあたりまえになりました。赤ちゃんに母乳をあげるときにアルコール消毒することや、過剰な除菌をすることで、腸内フローラ形成の時期に必要な腸内細菌を摂取できないため、アトピーやアレルギーになりやすいという報告もあります。

病院に行くと風邪やちょっとした病気ですら菌を殺菌する抗生物質や薬を出されることがスタンダードになってきました。抗生物質は悪い菌だけでなく健康に重要な役割を持つ腸内細菌も殺してしまいます。

揚げ物や肉、ファーストフードなど、コレステロールの高い食事が多くなり、酒量の多い方も増えています。お酒(アルコール)の飲み過ぎは、腸内細菌を殺菌してしまう1つの原因になっています。